Pražská univerzita patří do českých, stejně jako do německých dějin. Obě etnika se na její půdě setkávala a střetávala, někdy ve vzájemné inspiraci a spolupráci, jindy v konfliktních situacích. Se sporem o historické dědictví univerzity je spojen i příběh názvu „Univerzita Karlova“, který se poprvé jako oficiální označení objevuje po vzniku Československé republiky. Jeho tehdejší propagátoři se ale úspěšně pokusili prezentovat jej coby původní.
Pražskou středověkou univerzitu identifikovalo hlavně místo, v němž působila. Byla označována jako „universitas Pragensis“ nebo „studium generale Pragensis“. Vazba na zakladatele nalezla svůj výraz v označení nejdůležitější mistrovské koleje – Karlovy („collegium Caroli“). Karolinum se postupně stalo jakýmsi neoficiálním symbolem celé univerzity, zvláště v předbělohorské době.
Po rekatolizaci školy a rozhodnutí císaře Ferdinanda III. o tzv. univerzitní unii v roce 1654 získalo vysoké učení název „Universitas Carolo-Ferdinandea“ (Univerzita Karlo-Ferdinandova). Upomínalo se tak nejen na slavného Lucemburka, ale také na jeho pozdějšího habsburského nástupce. Tento název univerzita nesla téměř po celou následující čtvrtinu tisíciletí.
Česko-německý spor o univerzitu se postupně rozhořel po roce 1848. Byl samozřejmě součástí širšího národnostního konfliktu a zahrnoval i jiné oblasti vysokého školství. Již v roce 1869 byla na dvě samostatné školy rozdělena pražská polytechnika. Stejné řešení zvolené v roce 1882 pro Univerzitu Karlo-Ferdinandovu tak nebylo zcela nečekaným krokem. Od té doby vedle sebe existovala samostatná „Česká Karlo-Ferdinandova univerzita“ a „Německá Karlo-Ferdinandova univerzita“. Spory tím zcela neutichly – obě univerzity se nadále dohadovaly o historické dědictví, zejména o užívání starobylých insignií. Do roku 1918 měla navrch spíše německá univerzita, poté se situace obrátila.
Zákon č. 135/1920 Sbírky zákonů a nařízení „o poměru pražských univerzit“ byl přijat 19. února 1920. V obecném povědomí je spojen se jménem svého předkladatele, nacionálně konzervativního politika a zároveň profesora fyziologie na české lékařské fakultě Františka Mareše (1857-1942).
Zákon ve svém prvním odstavci stanovoval, že česká univerzita je „pokračovatelkou starobylého učení Karlova“, což jí zároveň nárokovalo dosud sporné historické dědictví – tedy vedle záležitostí symbolické hodnoty i hmotné památky (insignie, umělecké předměty, univerzitní archiv). První odstavec také stanovil, že se české univerzitě „vrací jméno Universita Karlova“. To bylo konstatování přinejmenším problematické, protože původní vysoké učení tuto formu názvu nikdy nepoužívalo, respektive pouze v kombinaci se jménem habsburského panovníka (Karlo-Ferdinandova).
Univerzitní zákon vyvolal velkou nevoli u představitelů německé univerzity. Německá univerzita se k historickému dědictví zcela vědomě hlásila a prezentovala se jako „ die älteste deutsche Universität“, tedy nejstarší německá univerzita. Spor o historické dědictví Karlova založení latentně doutnal celá dvacátá léta a vznikla celá řada historických či právněhistorických rozkladů na dané téma, jak na straně české, tak německé (z českých je možné jmenovat například dobrozdání profesorů Václava Novotného a Miloslava Stiebra, na něž reaguje text profesorů německé univerzity Emila Werunskyho a Wilhelma Weizsäckera). Spor vyvrcholil roku 1934 tzv. Insigniádou, kdy proti sobě při pouličních nepokojích stáli nacionálové čeští proti německým.
K další eskalaci napětí došlo roku 1939, kdy byla Německá univerzita přijata do svazku říšských univerzit a přijala jméno Karlova (Deutsche Karls-Universität). České vysoké školy pak byly po známých událostech z podzimu 1939 uzavřeny. Poslední kapitolu tohoto sporu tvoří dekret presidenta republiky z října 1945, který zrušil pražskou německou univerzitu (stejně jako ostatní německé vysoké školy v Československu) symbolicky se zpětnou platností k 17. 11. 1939.