Přesně před 360 lety bylo v Týnském chrámu slavnostně vyhlášeno sloučení Karolina s jezuitskou kolejí. Vyřešily se tak několik desítek let trvající spory mezi oběma vysokými školami. Karlo-Ferdinandova univerzita pak existovala až do roku 1920, kdy se česká část univerzity vrátila k názvu Univerzita Karlova.
Karlově univerzitě vyrostla v polovině 16. století konkurence – jezuitská kolej, kterou povýšil roku 1611 císař Matyáš na univerzitu. Bitva na Bílé hoře a porážka stavovského povstání roku měly za následek, že Karlova univerzita byla roku 1622 odevzdána jezuitům. To však vyvolalo silnou nevůli pražského arcibiskupa Arnošta Vojtěcha Harracha. Arcibiskup dokonce odmítl opakovanou nabídku, aby zastával kancelářský úřad na jezuitské univerzitě a dokonce zakázal jezuitům promoce v Karolinu. K restituci činnosti protestantské akademie došlo až v roce 1631, kdy byli jezuité v důsledku vpádu Sasů do Čech jako jedna z nejmilitantnějších katolických složek vypuzeni z Prahy.
Krátký čas samostatnosti
Ambiciózní Harrach v čase univerzitních rozepří nezahálel a roku 1628 získal od panovníka souhlas se založením biskupského kněžského semináře. Vyučování se rozběhlo o sedm let později. V semináři probíhala filozofická i teologická studia, oproti univerzitě mu však scházela práva obecného učení, především právo udílení obecně platných gradů.
Spory mezi představiteli pražských škol opět gradovaly v roce 1636 kvůli zdánlivé malichernosti – hospodské rvačce studentů. Arcibiskup Harrach se rozhodl vzít právo do svých rukou a potrestal studenta práv exkomunikací.
Neustálým tahanicím se nakonec rozhodl zamezit sám císař Ferdinand III., který prohlásil, že vleklé spory nebezpečně ohrožují věc obnovy víry v Čechách. V roce 1638 odebral Tovaryšstvu Karolinum, obnovil jeho samostatnost a do čela postavil svého úředníka – protektora.
Ferdinand III. začíná jednat
V témže roce však povýšil papež Urban VIII. Harrachův arcibiskupský seminář na římské studium generale a Praha tak najednou měla hned tři vysoká učení. Císař však papežův akt neuznal a rozhodl se jednat. Sice to trvalo ještě dvanáct let, než speciálně zřízená univerzitní komise došla k řešení v podobě sloučení pražských vysokých škol.
Univerzita Karlo-Ferdinandova byla vyhlášena panovníkovými reskripty 23. února 1654 a samotný slavnostní akt se uskutečnil 4. března v chrámu P. Marie před Týnem. Podle vídeňského vzoru ustanovil panovník na univerzitě novou pozici superintendenta a rozhodl o zřízení desetičlenného akademického magistrátu. Filozofická a teologická fakulta byly plně v rukou jezuitského řádu a sídlily v Klementinu, právnická a lékařská fakulta měly sídlo v Karolinu a působili zde také světští profesoři.
Změnu přinesl až vznik republiky
V časech vrcholného nacionálního politického hnutí byla pražská Karlo-Ferdinandova univerzita rozdělena v roce 1882 na dvě: českou a německou. Obě univerzity pokračovaly v činnosti i po vzniku Československa roku 1918, změnilo se však jejich právní postavení. Na základě zákona z 19. února 1920, č. 135/1920 Sb., známého jako Lex Mareš, byla za pokračovatelku tradic pražské univerzity od té doby označena česká Univerzita Karlova, které měla převzít na principu restituce většinu majetku a hlavně starobylé písemnosti a insignie. V paragrafu 1 se praví: „Česká universita jest pokračovatelkou starobylého vysokého učení Karlova. Jména obou pražských universit, ustanovená zákonem ze dne 28. února 1882, č. 24 ř. z.: „Česká universita Karlo-Ferdinandova“ a „Německá universita Karlo-Ferdinandova“ se zrušují. České universitě vrací se jméno „Universita Karlova“. O jménu německé university rozhodne se zvláštním zákonem.“
Pramen: Čornejová Ivana, Dějiny Univerzity Karlovy II (1622-1802). Karolinum 1995.