Tomkovi: Jsme patrioti Matfyzu a děláme to, co nás baví

čtvrtek, 16 září 2021 12:28

Vědecká i společná životní cesta manželů Markéty a Jakuba Tomkových začala na Matfyzu UK. Následně oba získali stipendium a na doktorát odešli na Oxford, kde několik let působili i jako postdoktorandi. Od letošního února oba bádají na University of California, kromě toho jejich čas patří synovi i dobrovolničení.

 PXK4207  1 crop

„‎Pro vědecký pár je extrémně náročné hledat vhodné místo pro oba. Měli jsme veliké štěstí, že jsme se oba dostali na doktorát na Oxford a oba jsme získali stipendium,“ říká Jakub Tomek. V Oxfordu studovali stejný program Life Sciences Interface, v průběhu se ale jejich výzkumný záměr oddělil – Jakub se vydal směrem kardiologie a Markéta se zabývá rakovinou. „Tím, že každý děláme jiný obor, je výběr špičkových pracovišť, kde bychom mohli oba pracovat, značně omezen. Většina špičkových míst je zaměřena buď na kardio nebo rakovinu. Oxford je jako jedno z málo měst vynikající v obou tématech a sjíždí se tam ti nejlepší z celého světa.“ Oba ale mají jasno, že chtějí být spolu a vztah na dálku, který je pro některé vědecké páry častý, u nich nepřipadá v úvahu: „Jsme připraveni dělat kompromisy, protože za žádnou cenu nechceme žít zvlášť. Navíc máme 2,5letého syna, ale i bez něho bychom nemohli být bez sebe,“ říká Jakub.

Při hledání dalšího působení proto měli jednoduché pravidlo: Pro jednoho to musí být ideální místo a pro druhého alespoň rozumně dobré. „A nechtěli jsme do Ameriky, což se nám moc nepovedlo,” směje se Markéta. „Když ale Jakub dostal nabídku pozice od nejvýznamnějšího profesora v oboru na University of California, nebylo o čem přemýšlet. A i já jsem tu našla zajímavou pozici, je to sice trochu úkrok stranou od mého původního zaměření, ale myslím, že to bude obohacující – naučím se nové techniky, získám nové zkušenosti a kontakty.“

Nejistá vědecká budoucnost

 PXK7652 1Kam budou směřovat jejich další vědecké kroky zatím neví. Jakubův americký projekt je předběžně plánován na dva roky a poté je pravděpodobně čeká návrat do Velké Británie. „Jakub totiž v Británii získal čtyřletý fellowship od Welcome Trust, což je obrovský úspěch, protože to je jeden z nejprestižnějších grantů,“ říká Markéta.

„Já aktuálně zvažuji, zda vůbec budu pokračovat v akademické kariéře. Záleží, zda mi vyjdou granty a jaké budou další nabídky. Vědecká kariéra s sebou nese velikou nejistotu, financování máte vždy jen na pár let, nevím, zda to bude dlouhodobě udržitelné pro oba – pro rodinu, uvidíme. Ale vím, že mohu dělat řadu profesí – od výzkumu v soukromé sféře přes datové analýzy až po bioinformatiku,“ popisuje Markéta a přiznává, že částečně vnímá i určitý kariérní handicap mateřství a vliv koronavirové pandemie. „V mém případě se to sešlo a nedokážu oddělit, co zbrzdilo mateřství, stěhování a co pandemie, ale mateřství kariéru ženy vědkyně ovlivní. Když zjistíte, že jste těhotná, tak se už do velkých projektů nepouštíte a s koncem mateřské péče o dítě neskončí... A i když mi byl Jakub velikou oporou a teď máme péči o syna rozdělenou půl na půl, z počátku je přeci jen větší úděl na ženě. V žádném případě ale nelituji a nikdy bych nevolila jinak.“

Tomkovi zároveň potvrzují, že jejich situace je pro vědecké prostředí atypická. „Jsme manželé a máme dítě, to tu v našem věku skoro nikdo z kolegů nemá – naši o deset let starší vedoucí mají první dítě podobně jako my. A to je zahraniční systém na mateřství v některých věcech mnohem lépe připraven,“ doplňuje Jakub.

 Markéta Tomková: Můj výzkum je napínavá detektivka – v genomu člověka hledám mutace a co je způsobuje

„Obecně zkoumám, jakou roli hrají mutace a epigenetika při nádorových onemocněních a teď nově i při vrozených vývojových vadách, například neurodegenerativních onemocněních. Mojí srdcovou záležitostí je zkoumání mutagenních procesů a různých vlivů, které způsobují, že DNA mutuje, například sluneční záření nebo kouření způsobují specifický typ mutací. Mutace ale vznikají i uvnitř našich buněk, například tím, že nám chybí nějaké enzymy. Dnes již máme obrovské množství dat a víme, že každý z těchto procesů zanechá určitou stopu v našem genomu,“ popisuje vědkyně.

Nejvíce znalostí máme o mutacích nádorových buněk, ale mutační procesy probíhají i v jiných buňkách. „Teď se zabývám pohlavními buňkami, zajímá mě ten proces na úplném začátku – co ovlivňuje vznik vrozených vad. Je to úžasná detektivka, kdy v genomu člověka pomocí nejrůznějších matematických a statistických metod hledám mutace a co je způsobuje,“ říká Markéta, která aktuálně pracuje na projektu, který by mohl přinést nečekané poznatky o jednom z mutačních procesů, který ovlivňuje všechny buňky v našem těle.

Pro její obor – analýzy genomických dat – je charakteristická obrovská dynamika a veliká kompetice. „Když má člověk nějakou myšlenku, do měsíce ji musí realizovat a během dalšího mít připravený článek. Když to nestihne, může si být jist, že ho někdo předběhne, zvláště když výzkum vychází z dat, která jsou všem vědcům k dispozici v databázích, což je něco, co je na mém oboru úžasné. Snad u všech projektů se mi stalo, že na nich vždy nezávisle pracovalo více výzkumníků ve světě zároveň a někdy jsem byla rychlejší já a někdy oni. Tato kompetice je náročná, ale zase je úžasné sledovat takto rychle se vyvíjející obor a být součástí toho vývoje.“

 PXK6287 1

Návrat do Česka jako jedna z možností, ale...

Markéta s Jakubem situaci v české vědě dlouhodobě sledují a nevylučují možný návrat. „Láká nás to, je to jedna z našich dlouhodobých vizí, ale zároveň si nejsme jistí, jak je česká věda na návraty ze zahraničí připravená, zda nás zpátky přijme,“ shrnuje Jakub. Zahraniční zkušenost přitom považují za zásadní pro každého vědce.

Obavy mají například i z nadbytečné byrokracie, konzervativního přístupu a fungování institucí. V Česku se podle manželů Tomkových také málo dbá na rozvoj lidského potenicálu. Čeští vědci a vědkyně se tak někdy neumí prodat, jsou zbytečně skromní a neumí komunikovat své výsledky ve stylu prestižních vědeckých časopisů typu NatureScience. „V Česku se málo učí, jak psát články světového formátu. V zahraničí jsme od počátku byli obklopeni lidmi, kteří takto publikují a měli jsme možnost se od nich učit, okoukat to – na této úrovni nestačí mít špičkové výsledky, ale je třeba je umět vysvětlit nad rámec svého oboru, aby tomu porozuměl i kolega z jiného oboru či dokonce laik,“ říká Markéta. A Jakub uvádí konkrétní příklad: „Ve stylu psaní, který jsme znali z Česka, je často zvykem si tu pointu nechávat na konec článku a před tím popsat všechny detaily, v zahraničí je to přesně naopak – jako u novinových článků – zaujmou hned v abstraktu. I vlastní článek je hodně čtivý a většinou krátký. Technické detaily se uvedou až jako doplňující informace. A podobně to platí i pro každý odstavec – to nejdůležitější je napsáno hned v první větě. Je to precizní až řemeslná práce – každá věta se často ladí i desítky minut, aby co nejlépe prodala výsledky a zároveň nedošlo ke zkreslení.“ Stejně důležité je i umět napsat dopis editorovi – přesvědčit ho, že je třeba číst dál a otevřít článek.

Metody psaní jsou pak do značné míry přenositelné napříč obory. Markéta s Jakubem před rokem například pomohli s komunikací výsledků, analýzami dat a diskuzemi nad designem studie i Markétině bratrovi, Martinovi Popelovi z Matematicko-fyzikální fakulty UK. „Překladač, který překládá přesněji než člověk, byl přesně ten typ výsledků, které zajímají široké publikum,“ říká Markéta. „Článek se dokonce dostal k recenzi přes editora v Science – to je samo o sobě úspěch, to vůbec není snadné. Nebylo to daleko od přijetí, ale na svou dobu to bylo příliš revoluční. Působilo to, že recenzenti nevěřili, že by mohl existovat překladač, který je podobně dobrý jako lidi, či dokonce přesnější než lidé. Celý ten publikační proces trval dlouho a za tu dobu se celý obor velmi vyvinul, až to nakonec bylo skoro ‚staré‘,“ vypráví Markéta. Publikace o automatickém překladači CUBBITT (pro osobní účely volně k dispozici), což byl výzkumný projekt disertační práce Martina Popela, tak nakonec vyšla „jen“ v časopise Nature Communications (více jsme o publikaci psali i v samostatném článku na webu UK Forum).

„Za spolupráci s bráchou jsem moc vděčná, ale nebyl to náš první rodinný projekt. Už jsme měli společné projekty i s rodiči,“ směje se Markéta. „Oba jsme z workoholických rodin, kde svoji práci milují a od mala se mi líbilo poslouchat nadšené vyprávění rodičů o jejich práci. Teď to společné nadšení sdílíme a můžeme spolu trávit čas nad něčím, co nám přináší radost. Také se poznáváme ze zcela nové stránky, které bychom při běžné návštěvě neměli možnost zjistit.“

Jakub Tomek: Od neurověd ke kardiologii

„Z PXK6255 1abývám se mezioborovým výzkumem v kardiologii – kombinuji výpočetní přístup, kdy simulujeme jednotlivé srdeční buňky i celé srdce, spolu s experimentálním, kde sbíráme data a měříme efekty různých látek, a klinickou částí, která zahrnuje analýzu reálných dat pacientů. Skvěle se to doplňuje – pomocí experimentů získáváme nové poznatky a zlepšujeme modely, díky kterým pak nemusíme dělat tolik experimentů. Data z modelů nám zároveň pomáhají v interpretaci experimentů i při analýze klinických dat,“ popisuje. Ke kardiologii se přitom dostal náhodou, během studia Matfyzu se věnoval výpočetním neurovědám a další dráhu si plánoval spíše v oboru obrazové analýzy nebo strojového učení.

V Oxfordu se ale dostal k Gilu Bubovi, odborníkovi na experimentální zobrazovací techniky srdečních buněk, a to ho podle jeho slov chytlo. „Když jsem dělal neurovědy, tak mi srdce přišlo trochu nudné, ale to jsem se velmi mýlil – srdce je skvělé a jeho fyziologie je fascinující.“ Díky dalším dvěma vedoucím dizertace, Blance RodriguezDavidu Patersonovi, se navíc při doktorátu naučil techniky výpočetní a experimentální kardiologie.

Jeden z jeho největších dosavadních úspěchů je výpočetní model srdeční buňky včetně iontových kanálů a signalizace, který mnoho odborníků považuje za aktuálně vůbec nejlepší. „Model je v souladu s velkým množstvím experimentálních dat, což nám umožňuje například efektivnější testování léků. Zdá se, že výpočetní modely lidských srdečních buněk jsou pro predikci některých nežádoucích účinků léků lepší než živá zvířata – lidskost překoná nedostatky výpočetních modelů.“

Jeho aktuální americký projekt se zabývá poruchou srdečních funkcí u diabetiků. „Na základě měření z buněk a klinických nahrávek srdcí diabetických pacientů budeme tvořit 3D model celého srdce, který nám umožní sledovat, jak například změna struktury srdce přispívá ke vzniku arytmií.“

Volunteering a covidová komunikace

 PXK7667 1„Ještě během doktorátu jsme chtěli dělat něco smysluplného, být nápomocní. A narazili jsme na projekt SocialCoder propojující odborníky, například programátory, s neziskovými organizacemi, které potřebují s nějakým takovým projektem pomoci a nemohou si daného specialistu finančně dovolit. A to nás moc zaujalo – svojí expertízou můžeme být mnohem užitečnější, než kdybychom pomáhali rukama,“ popisuje Markéta, jak se dostali k dobrovolničení v neziskové organizaci Lékaři bez hranic.

„Obecně máme rádi nejrůznější vedlejší projekty a rádi děláme mezioborový výzkum, který je nesmírně obohacující. To byl i jeden z důvodu, proč jsme šli na Oxford – chtěli jsme pracovat s lidmi z mnoha různých oborů. Každý obor má totiž svá specifika a třeba i rozdílný styl komunikace – lidé z lékařské fakulty se musí učit mluvit s matfyzáky a naopak,“ doplňuje Jakub.

Jako poslední se manželé Tomkovi zapojili do komunikace vědeckých informací o koronaviru směrem k veřejnosti. „Covidovou odbornou literaturu jsme sledovali od začátku a postupně nám docházelo, jak se veřejná debata v Česku odchyluje od aktuálního vědeckého poznání. Často chyběl fact-checking, přehledové studie, řada debat byla založena na subjektivních názorech nebo se prezentovala špatně interpretovaná data a ze strany médií nedocházelo ke zpětné korekci. Z naší vědecké práce jsme zvyklí dělat datové analýzy, pracovat s klinickými daty, načítat odbornou literaturu a interpretovat data i v mezioborovém výzkumu, takže jsme se rozhodli zkusit přispět ke zlepšení situace. „Načítali jsme odbornou literaturu, dělali jsme rešerše a psali texty, které vždy procházely pečlivým připomínkováním v rámci širokého týmu odborníků z různých oblastí.“

Oba přiznávají, že komunikaci o koronaviru nakonec věnovali mnohem více času, než původně zamýšleli. „Považovali jsme to za důležité – nedokázali jsme jen nečinně přihlížet, když jsme měli znalosti a zkušenosti, které mohly pomoci. Poznali jsme navíc další fantastické lidi, kteří neváhají a obětují vlastní čas a dobrovolně se snaží pomoci své domovině. Šli s kůži na trh, čelili nejrůznějším útokům a kritice, i když nemuseli – někteří z nich žijí dlouhodobě v zahraničí,“ popisuje Markéta. Zároveň přiznávají značné zklamání z toho, jak to v Česku (ne)funguje. Jako jeden z velkých problémů vidí to, že v médiích často vystupovali lidé, kteří i přes papírově „správnou“ odbornost šířili nepodložené subjektivní názory odporující mezinárodnímu vědeckému poznání a spolehlivým datům.

Baví nás věda i o ní mluvit

Podle manželů Tomkových je komunikace vědy nesmírně důležitá a je pro ně i nedílnou součástí práce vědců. „Už z povahy vědecké práce se každý den dozvídáte něco nového a tyto nové poznatky byste měli komunikovat dál. V Británii nebo v Americe je komunikace vědy a medializace výzkumných projektů prestižní záležitostí. Vědci cítí povinnost vysvětlovat, co dělají a proč je to důležité. Často jsou financování i ze soukromých zdrojů, takže to vnímají i jako službu společnosti. V minulosti jsem měl trochu dojem, že v Česku se na popularizaci pohlíží skrz prsty a vědci, kteří chodí do médií, jsou svými kolegy znevažováni a pomlouváni, že se zviditelňují. Ale snad se to mění,“ komentuje Jakub.

Oba se shodují, že je public engagement (popularizace vědy) moc baví, dává jim to smysl a kontakt s veřejností je pro ně skvělá zpětná vazba: „Ve vědě je úspěch málo častý, je to nekončící série neúspěchů – člověk žádá o granty, kde je nízká úspěšnost, při publikacích mu výsledky cupují editoři a recenzenti i samotný výzkum je často neúspěch za neúspěchem. Kontakt s veřejností vám dává motivaci pokračovat i hledat projekty a podprojekty, které mají přímou či alespoň potenciální aplikaci, jsou blíže k lidem a reálnému životu,“ říká Markéta. „Člověk musí mít vědu zkrátka rád a musí ho to bavit, nejde spoléhat na dosažené úspěchy – to by byl velmi nešťastný život,“ uzavírají s úsměvem manželé Tomkovi.

 Č PXK6835 1as na čaj, hudbu i tanec

„Čaj je veliká část našeho života – takový bezpečný přístav, společná pauza od práce,“ shodují se manželé kteří si spolu denně vypijí alespoň jeden čaj. Dříve prý čaj rádi analyzovali a degustovali, Jakub psal o čaji i blog, dnes si spíše užívají společnou chvíli.
Kromě toho je Jakub milovník hudby a Markéta tance. „V Praze jsem hodně tancovala, především scénický tanec se skupinou Primavera, v Oxfordu jsem dlouze hledala něco stylově podobného, ale bohužel marně. Ale zapojení do různých tanečních skupin byla velmi zajímavá sociální zkušenost, protože jsem poznala mnoho lidí mimo univerzitu – lépe jsme poznali místní, jak přemýšlí, jak žijí,“ usmívá se Markéta.


_czexpats_logo_100_99Seriál „
Czexpats in Science z UK “‎ přináší rozhovory s úspěšnými absolventy Univerzity Karlovy, kteří vědecky působí v zahraničí.
Vzniká ve spolupráci s Czexpats in Science, spolkem, který propojuje české vědce v zahraničí mezi sebou a také s vědci a institucemi v České republice.

Autor:
Foto: archiv manželů Tomkových

Sdílejte článek: