Sekvenování je má metoda na celý život, říká Beneš z EMBL

pondělí, 26 září 2022 08:19

„EMBL je v mnohém unikátní. Je to špičkové vědecké pracoviště, které vyniká svou otevřeností a možnostmi. Od počátku mi přišlo přirozené udržovat kontakt s alma mater a českým prostředím a získané poznatky předávat dál,“ říká Vladimír Beneš, absolvent „Přírodovědy“, který již jednadvacet let vede vědecko-servisní genomické centrum „GeneCore“ na prestižním EMBL v německém Heidelbergu.

avc 20220722 14 57 12 MG 2329 1

Chtěl býti ekologem, ale jak sám říká „‎podcenil přijímačky“ a poprvé ho na Přírodovědeckou fakultu Univerzity Karlovy nevzali. A tak se jako laborant dostal do laboratoře profesora Františka Fraňka. „Byl to skvělý vědec, ale někdy s ním bylo těžké vyjít. Mnoho jsem se tam toho naučil a mimo jiné mi došlo, že biochemie bude lepší volba. Podruhé jsem se na přijímačky lépe připravil – nechtěl jsem na vojnu – a vzali mě,“ vzpomíná Vladimír Beneš.

V dobré společnosti

Ve třetím ročníku začal pracovat na diplomce u docentky Ireny Tiché a tam se ho ujal Libor Grubhoffer, současný ředitel Biologického centra Akademie věd ČR. „To bylo mé velké štěstí, byl velmi nápomocný a velkorysý. Vedl mě a abych tak řekl, vědu a biochemii mi nezošklivil, naopak,“ Právě on mu prý také poradil, ať se jde na doktorát zeptat do laboratoře Václava Pačese na Ústavu molekulární genetiky AV ČR – úspěšně.

„Václav uměl v laboratoři vytvořit naprosto jedinečné prostředí; byl to na počátku 80. let takový ostrůvek pozitivní deviace. Byl velmi liberální, režim ho moc nezajímal a koncentrovali se kolem něho báječní lidé. Bylo to velmi formativní období. Spolu se mnou v laboratoři působil kupříkladu Zdeněk Hostomský (bývalý ředitel dejvického ÚOCHB), Čestmír Vlček nebo Pavel Urbánek – úžasní lidé a špičkoví vědci,“ sdílí Beneš.

avc 20220722 14 59 26 MG 2352 1
Rozhovor s Vladimírem Benešem vznikl během genetické konference konané u příležitosti 200. výročí narození Johanna Gregora Mendela. 

Metoda na celý život

V té době byla laboratoř Václava Pačese první, která se v tehdejším Československu věnovala sekvenování. „Celá metoda Sangerova sekvenování byla tehdy v plenkách. Václav se k tomu dostal na jednom workshopu v Anglii. Nezaváhal a novou metodu začal rozvíjet i v Praze. A jak jsem Václavovi napsal u příležitosti jeho letošních 80. narozenin, naučil mě metodu, kterou rozvíjím dodnes – již 38 let!“

Mezinárodní síť kontaktů Václava Pačese byla obrovská. „V rámci meziakademické dohody jsem měl možnost vyjet na krátkou stáž do Madridu, abych se přiučil biochemii bakteriofágů. Nakonec jsem tam strávil téměř rok a tato zkušenost mi změnila život. Působil jsem v laboratoři Margarity Salas, která měla obrovský drive – prosadila se v době, kdy španělské vědě dominovali muži. Byla velmi tvrdá, ale férová. Měla velkou skupinu, ale perfektní přehled, co kdo dělá,“ říká Beneš, který se po vojně vrátil do laboratoře Václava Pačese, kde se věnoval sekvenování prvních genomů, mimo jiné i ve spolupráci s výzkumným centrem EMBL (European Molecular Biology Laboratory) v německém Heidelbergu.

EMBL campus Heidelberg 2EMBL je mezivládní výzkumná organizace zaměřená na molekulární biologii. Hlavní sídlo se nachází v německém Heidelbergu. Další EMBL pracoviště sídlí v Hinxtonu (Velká Británie), Grenoblu (Francie), Hamburku (Německo), Monterotondo (Itálie) a Barceloně (Španělsko). EMBL je podporována 27 členskými státy, mezi které patří od roku 2014 i ČR.

„V té době probíhal velký mezinárodní projekt na sekvenaci kvasničného genomu. A jednoho dne zavolal Wilhelm Ansorge z EMBL, zda bych se nechtěl ujmout vedení projektu, protože člověk, který to měl na starosti tragicky zahynul. Já jsem již sice měl předdomluvený postdoc v Kalifornii, ale nakonec jsem v roce 1994 odjel do Heidelbergu – původně na rok,“ vzpomíná dnes jeden z nejdéle „sloužících“ zaměstnanců. Na EMBL totiž pro vědce a vědkyně platí přísná pravidla – maximální doba působení je devět let, pak musí hledat pozici jinde.

„Když se jednou dostanete na EMBL, tak se vám pryč nechce. Je to v mnoha ohledech unikátní místo. A já jsem měl štěstí, že se vedení na přelomu tisíciletí rozhodlo vybudovat genomické servisní středisko a oslovili mě, abych ho vedl. A tak začala nová kapitola mého života,“ říká vedoucí centra GeneCore, které v loňském roce oslavilo již dvacet let.

Postupně s rozvojem technologií i poptávky ze strany vědců a vědkyň se centrum rozrostlo a dnes je pro EMBL „výstavní skříní“ nejnovějších technologií a vzorem pro výzkumná centra po celém světě. „Aktuálně vedu tým deseti lidí, a i když množství administrativy je obrovské, stále se snažím, abych neztratil kontakt s realitou a byl takříkajíc ‚u stolu‘, když přichází vědci se svými projekty a vymýšlíme, jaké jsou možnosti.“

avc 20220722 14 02 33 MG 2127 1

Neztratit kontakt

Neztratit kontakt nejen s realitou, ale i s českým prostředím je pro Vladimira Beneše celoživotním cílem. „EMBL je špičkové vědecké pracoviště, které vyniká svou otevřeností a možnostmi – je vzorem v oblasti přístupu, organizace i spolupráce. Od počátku mi přišlo přirozené udržovat kontakt s alma mater a českým prostředím a získané poznatky předávat dál. I proto před lety na Přírodovědecké fakultě UK a Jihočeské univerzitě v Českých Budějovicích vznikl kurz Metody funkční genomiky. Čeští studenti či studentky jsou stejně chytří jako jejich západní kolegyně a kolegové, ale nemají stejný přístup ke zdrojům – pojal jsem za povinnost, aby o těch nejnovějších metodách věděli. A tak jsem se domluvil s kolegy z EMBL a na tři dny jezdíme přednášet do Prahy či Budějovic o nejnovějších metodách v genomice, proteomice, mikroskopii, proteinové expresi a purifikaci nebo průtokové cytometrii,“ vyjmenovává Vladimír Beneš, jehož jméno najdete i na mnoha českých vědeckých publikacích. „Spolupracuji i s vědeckými týmy napříč republikou a snažím se jim pomáhat od samého počátku, i když ještě Česká republika nebyla oficiálním členem konsorcia EMBL.“

Stále se učit a nezakrnět

Ačkoliv se genomika jako obor neustále vyvíjí, ten základní princip je stále stejný. „Mění se formát, ale základní získaná informace vlastně zůstává, jen je kvalitnější a přesnější. Asi nikdy nebudeme schopni obsáhnout všechny možnosti, které příroda nabízí, vždy to bude o snaze přiblížit se co nejvíce realitě. Budoucností je ale komplexnější interpretace dat – propojit získané informace o genomu, proteomu, metabolomu,” míní Beneš.

Samotné technologie ale nestačí. „Musíme je správně využívat. Vědci jsou někdy konzervativní, když jim něco funguje, tak to nechtějí měnit. Chybí jim odvaha, převládne lenost či jim chybí nejnovější znalosti. I to je motivací našich kurzů, aby lidé věděli, co je k dispozici a co vše to umí a neumí,“ říká vedoucí centra, jehož důležitou náplní práce je “sladit očekávání” uživatelů.

„Přál bych si, aby lidé k věcem přistupovali s otevřenou myslí a zároveň aby dokázali rozpoznávat, co je nosné, co má dostatečnou kvalitu – neutopili se v záplavě informací a šumu. I věda podléhá módním vlnám. Někdy je lehké naskočit na novu metodu jen proto, že to je sexy a cool, ale pro vlastní projekt nemá smysl – pozor na to!“ varuje a dodává, že je důležité, aby lidé o věcech přemýšleli. „Je důležité stále používat hlavu a nezakrnět! I to, že se můj tým obměňuje – nechci říci, že mě udržují mladým –, ale nutí mě neustále se vyvíjet, protože každý nový člen k práci přistupuje jinak, má jiné zkušenosti i kulturní tradice. To je obohacující.“

RNDr. Vladimír Beneš, CSc.
Vystudoval Přírodovědeckou fakultu Univerzity Karlovy. Doktorát získal pod vedením profesora Václava Pačese na Ústavu molekulární genetiky AV ČR. V roce 1994 jako postdoktorand odjel na EMBL, kde dodnes působí. Od roku 2001 vede Genomics Core Facility, technologicky orientovanou servisní laboratoř, která byla založena s cílem poskytovat expertizu a podporu vědcům a vědkyním s projekty v oblasti genomiky. Po celou dobu hojně spolupracuje s českým akademickým prostředím. Na Univerzitě Karlově například již třináct let organizuje kurz Metody funkční genomiky.
Autor:
Foto: Klára Kvardová, Wikimedia CC

Sdílejte článek: